Japan Airlines (JL), la aerolínea más grande del país, tiene su sede en Tokio. Vuela sin escalas a unos 60 destinos nacionales y a más de 30 destinos internacionales en Asia, Europa, Oceanía, América del Norte y América del Sur. JL forma parte de la alianza Oneworld y tiene acuerdos de código compartido con unas 30 aerolíneas. Ofrece diferentes servicios: primera clase, clase ejecutiva (equivalente a Business Class), clase económica superior, clase J (asientos más grandes en clase económica) y clase económica. Su flota se compone de una variedad de aeronaves con configuraciones de cabina doble, triple y cuádruple. Los centros de operaciones principales de Japan Airlines se encuentran en Aeropuerto Internacional Haneda (HND) en Tokio y el Aeropuerto Internacional de Narita (NRT).